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viernes, 2 de marzo de 2012

Vídeo del viernes: DNA microarrays

Intentaremos cada viernes dejaros un vídeo de interés para vosotros y siempre relacionado con la biología. Como esta semana soy yo el encargado, y soy tan molecular, os dejo un fantástico vídeo que explica en qué consisten los microarrays de DNA.

Esta técnica se ha convertido en inprescindible en muchos campos de la biología molecular ya que con tan sólo un experimento se pueden conocer diferencias en la transcripción de todos los genes de una célula. Imaginemos por ejemplo la levadura. ¿Qué ocurre cuando la exponemos a un estrés térmico? Muy fácil, se someten las células al estrés, se extrae el RNA y mediante una retrotranscriptasa inversa se convierte a cDNA marcado con una sonda fluorescente. Lo siguiente que nos queda es hibridar ese cDNA con el array que contiene todos los genes de la célula y ver cuáles se transcriben y cuáles no para saber qué rutas metabólicas y qué mecanismos celulares se ponen en marcha frente a un estrés térmico. ¿No os parece interesante? Nada más, desde Biogenmol os deseamos un feliz y descansado fin de semana.

DNA microarrays

6 comentarios :

Munani dijo...

Hola ^^ siento que he pecado al no pasar por su blog. Ya pasó un año y ya dejé los cursos generales para adentrarme más a lo fundamental de mi carrera. Hace poco llevé un curso de técnicas básicas de Biología Molecular e hice mi primer PCR! fue lo máximo :) Estaré al tanto de lo que publiquen.

Un abrazo!

gera dijo...

Muy interesante esto de los microarreglos. y como comenta el colega anterior El PCR es muy emocionante. Si pudieran recomendarme un poco mas de blogs con coontenido Biologico se los agradeceria.

Anónimo dijo...

Estos experimentos muestran que el ambiente puede influir en la expresión genética, pero hay varias cosas:

- Una es si estos experimentos tienen en cuenta el "splicing alternativo" es decir, a partir de los mismos genes se producen ARN diferentes (con distintas partes combinadas) En este caso los ARNm podrían diferir tanto en dos casos distintos (como infección o no, stress térmico o no etc...) que a pesar de expresarse en los dos casos, no se viera.

- Cuando extraes todo el ARN no solo extraes ARN mensajeros, tambien micro ARN, y otros tipos. Tú en la matriz pones solo los fragmentos de ADN que son genes codificantes, pero el ADNc incluye muchos más ARN. ¿Cómo estar seguro de que la unión es la misma, y no se unen pequeñas secuencias y sí el ADNc del mismo gen?

- ¿Cómo sabes que un gen que está activo cuando hay stress térmico, tiene algo que ver con la respuesta al stress térmico (y lo mismo para otras cosas)?

Un saludo. V.

Anónimo dijo...

Hola gera: te puedo recomendar mi blog donde voy a tratar más temas que tienen que ver con ciencia y biología:

http://paramisonenigmas.wordpress.com/

David Talens Perales dijo...

Hola V. respecto al splicing alternativo...en principio se pondría tener en cuenta si el propio chip se realizase utilizando los RNAm presentes en las células usando cDNA, es decir, si yo sé que por splicing alternativo se puede dar a dos proteínas distintas puedo preparar en la propia sonda las dos variantes (o al menos así creo que lo harán). Es cierto que extraen los microRNA, sin embargo es bastante probable que muchos de ellos escapen a la retrotranscripción y por supuesto es inevitable tener ruido de fondo, por eso siempre hay controles positivos y negativos en estos experimentos. Siempre se hacen comparando unos arrays con otros...
En cuanto a la última pregunta...pues parece ser que por el propio funcionamiento de la célula en sí el hecho de que haya un cambio y se produzca un cambio en el patrón de transcripción sugiere que ese gen tiene algo que ver con ese cambio ¿no? Ya sea de forma indirecta o directa, pero es cierto que debes controlar el resto de condiciones muy bien porque puedes tener variaciones que pueden dar lugar a cambios en los patrones de transcripción y que no tengan nada que ver con lo que tu buscas...Un saludo y gracias por comentar ;)

Anónimo dijo...

Insisto un poco en lo de si un gen que se exprese diferentemente tiene que ver, porque cuando pensamos en cualquier proceso bio´lógico solo pensar en qué genes se activan más o menos es un error, hay muchos más factores: por ejemplo cambios en el metaboloma, proteoma (o sea las reacciones químicas, la relación entre proteínas) y lo que analiza esta técnica que es el "transcriptoma", y el propio genoma también cambia con los transposones y elementos móviles (algunos también de ARN). Yo creo que aislar simplemente todo el ARN no te va a decir nada de cómo ocurre el proceso in vivo, donde juegan muchísimos más factores, es como si intentaras conducir un coche sin ruedas ni motor, solo con los asientos y el volante.

Y luego a tener en cuenta los fallos y la participación de otros ARN... por cierto los micro ARN serían los más fáciles de pasarse a ADNc por su longitud más corta.

¿Qué opinas, no crees que esta prueba puede dar conclusiones muy falsas de lo que ocurre en unas células?

Un saludo.