El plásmido PUC

En muchas ocasiones los plásmidos bacterianos son utilizados como vectores, moléculas lanzadera que permiten clonar fragmentos de DNA de nuestro interés para poder transformar posteriormente células. Hay muchos plásmidos disponibles, pero este posee una peculiaridad que lo hace un poco más especial que los demás.

Es un plásmido pequeño que contiene un origen autónomo de replicación además de un gen de resistencia a la ampicilina. Hasta aquí todo normal, la mayoría de plásmidos poseen estas dos características.

Lo particular es que esta plásmido conserva el gen LacZ (que codifica para la beta galactosidasa) y que además dentro del gen se ha incorporado un fragmento que contiene secuencias de restricción (polilinker) pero que no afecta a la pauta de lectura de manera que si el gen se traduce da lugar a una beta galactosidasa funcional. No obstante cuando se inserta el DNA el gen de la betagalactosidasa no es capaz de traducirse.

La combinación del gen LacZ con el polilinker y el gen de resistencia a la Amp permite por un lado diferenciar entre las células que han incorporado el plásmido o no (ya que sólo las que lo hayan incorporado crecerán en presencia de Amp) pero dentro de estas permite distinguir entre las que incorporan el inserto y las que no ya que si se pone un análogo cromogénico de la galactosa (sustrato de la betagalactosidasa) como es X-Gal las colonias que NO hayan incorporado el inserto serán capaces de producir betagalactosidasa y por tanto romper el X-Gal dando lugar a colonias de color azul, mientras que las que hayan incorporado el inserto permanecerán blancas con el X-Gal porque no serán capaces de romper el X-Gal.

¿Qué tienen en común los centros activos de los enzimas?

Basta echar un vistazo a las bases de datos para darse cuenta que el número de enzimas que existen es abismal, con múltiples nomenclaturas, procedentes de una gran cantidad de organismos, enzimas ortólogos, parálogos, con más de un tipo de sustrato en algunas ocasiones…pero todos ellos tienen algo en común y que hace que los caractericemos como lo que son, y ese lugar es el centro activo. Todos los enzimas tienen un centro activo, un lugar, un espacio físico en el espacio tridimensional de la proteína en donde se va a alojar el sustrato, aislado del medio que le rodea, para permitir que se produzca el proceso de catálisis. Pero para más inri todos los centros activos cumplen una serie de premisas que se repiten en todos ellos y que nos permite caracterizarlos como centro activo de la proteína.

1. El centro activo es una hendidura tridimensional formada por grupos que provienen de diferentes partes de la secuencia de aminoácidos. Es decir que los residuos que conforman el centro activo pueden estar a grandes distancias en la secuencia aminoacídica pero cercanos cuando se produce el plegamiento en la estructura terciaria o cuaternaria.

2. El centro activo supone una porción relativamente pequeña del volumen total del enzima. Es cierto que las proteínas están normalmente constituidas por más de cien residuos, sin embargo son muy pocas cadenas laterales de los aminoácidos las que están en contacto directo con el sustrato. La función del resto de los aminoácidos es servir de andamiaje para que los grupos que se sitúan en el centro catalítico estén cerca entre sí, además en muchas proteínas parte de los residuos que no intervienen en la catálisis pueden tener algún tipo de función reguladora.

3. Los centros activos son microentornos únicos. Son micro-espacios capaces de ajustarse al sustrato excluyendo de forma total el agua, a no ser que esta sea uno de los intermediarios de la reacción, por tanto se trata de un micro-entorno de tipo apolar que contiene también residuos polares que adquieren propiedades especiales para la unión del sustrato o la propia catálisis.

4. Los sustratos se unen a los enzimas por numerosas fuerzas débiles. La suma de todas las interacciones, ya sean puentes de hidrógeno, interacciones electrostáticas, fuerzas de van der Walls…que se dan entre el sustrato y el centro activo permiten que los residuos catalíticos estén en la posición y distancia correcta de los átomos del sustrato para que se produzca la reacción.

5. La especificidad del enlace depende de la disposición exactamente definida de los átomos del centro activo. Es algo que se deduce de la premisa anterior, si todas esas fuerzas débiles no se suman el sustrato y el enzima no van a interaccionar de forma correcta, no se va a dar un contacto lo suficientemente cercano para que se de la catálisis.

Estos 5 puntos son compartidos por los centros activos de todos los enzimas, al menos según el Stryer (libro de bioquímica en donde aparece parte de la información comentada). Mi pregunta es: ¿Habrá algún centro activo que sea la excepción?

¿Cómo se demostró que la información genética estaba contenida en el núcleo?

Aunque en los tiempos que corren hoy en día parece algo evidente y se da por supuesto que la información genética está en el núcleo no siempre ha sido así, no fue hasta 1930 en qué Joachim Hammerling realizó los experimentos para poder averiguar en qué lugar de la célula se encontraba el material genético.

Tal vez, a primera vista, parezca algo realmente complicado. Pero sinceramente experimentos que ahora nos parecen muy sencillos han permitido aportar datos para admitir muchas cosas que hoy en día ni nos cuestionamos, y esta es una de ellas.

Joachim demostró éste fenómeno utilizando como organismo experimental dos especies de Acetabularia. Se trata de algas verdes marinas unicelulares y uninucleares con forma de paraguas que pueden alcanzar hasta los 10 cm. En concreto trabajó con dos especies, A. crenulata y A. mediterránea que se diferencian fenotípicamente entre sí sin  demasiados problemas por el “sombrero”. El núcleo de éstas algas se encuentra situado en el rizoide, viven en ambientes marinos con suficiente luminosidad y si se sitúan en condiciones de oscuridad pierden el sombrero y el pié quedando reducidas al rizoide en donde está situado el núcleo. Si después del periodo de oscuridad se someten de nuevo a condiciones de luminosidad vuelven a recuperar de nuevo el pie y el sombrero y con la misma morfología.

El experimento se realizó de la siguiente manera:

Se sometieron ambas especies a condiciones de oscuridad. Una vez reducidas a simples rizoides se intercambiaron los núcleos y posteriormente se sometieron de nuevo a condiciones de luminosidad. Lo que ocurrió  es que cada una de las especies desarrolló la morfología del pie y del sombrero correspondiendo al núcleo trasplantado, es decir el rizoide de crenulata con el núcleo de mediterránea desarrolló un pie y un sombrero cuya morfología era idéntica a la de la especie mediterránea, mientras que el rizoide de mediterránea y el núcleo de crenulata desarrolló la morfología de crenulata.

 
Con este hecho se demostró que el núcleo era el orgánulo celular en el que se contenía la información genética, a veces los experimentos más sencillos nos aportan información muy importante, incluso transcendental en la biología y en cualquier ciencia.

Bioparc: NATURALEZA en abierto

 

Bueno antes de que sigáis la leyendo  esta entrada quiero que sepáis que no me pagan por lo que voy a contar…

Ayer tuve la oportunidad de ir al Bioparc de la ciudad de Valencia. ¿Que decir acerca de este parque? Primero que nada que no se trata, en absoluto, de un zoo. Cuando la gente oye la palabra zoo la imagen que le viene a la cabeza es el de un recinto cerrado, con pequeñas estancias enjauladas en donde se exhiben los animales, casi sin poder moverse del sitio.

El Bioparc es totalmente distinto. El entorno en donde se sitúa el parque está a las afueras de la ciudad, aunque totalmente urbanizado, en la zona que se conoce como Parque de Cabecera, el lugar en donde el Turia es desviado a su nuevo cauce dejando a su izquierda el viejo cauce que ha sido convertido con el transcurso de los años en más de 9 km de pulmón verde y que traviesa la ciudad de oeste a este.

Una vez entras en el recinto lo primero que más atrae al visitante es el hecho de no ver espacios claramente delimitados, como barreras ni nada por el estilo, todo está muy integrado y el paisaje, aunque artificial, está muy bien cuidado e intenta asemejarse a los sitios de donde son autóctonos los animales que allí  habitan.

El parque está dedicado de forma exclusiva a la fauna presente en el continente Africano y queda dividido en tres zonas: Madagascar, África ecuatorial y la Sabana. Cada una de ellas se podría decir que tienen sus animales estrella, por lo menos para mí. En el caso de Madagascar los lémures campan a sus anchas por el recinto e incluso se acercan al visitante de forma despreocupada, no es difícil sacarse una foto con ellos, incluso parece que posen en las fotos. En África ecuatorial destacaría sobre todo los elefantes y los gorilas, y finalmente en la sabana las jirafas y los leones.

Sinceramente creo que es un sitio que vale la pena visitar, muchos de los animales que ves allí sería imposible verlos en otro sitio que no fuese en un safari por África. Además el concepto del parque me parece realmente bueno ya que los animales disponen de espacio suficiente como para sentirse a gusto y casi en libertad, y lo han demostrado con los numerosos nacimientos de crías en el parque durante su primer año de apertura.

Vale la pena rascarse un poco el bolsillo para disfrutar de estas cosas…

No os cuento más y espero que os animéis a visitarlo…

Retirada de las bolsas de plástico de los supermercados

En fin, ya tenía ganas de sentarme un rato y escribir acerca de este tema. Soy consciente de que tiene poco que ver con los temas acerca de los cuales suelo escribir, pero no deja de estar relacionado con el medio ambiente y el desarrollo sostenible así que tampoco queda desubicado.

En los telediarios han estado bombardeando estos últimos días con noticias de la retirada de las bolsas de la compra en algunos supermercados, en unos de forma inmediata y en otros en un futuro muy próximo. ¿Pero que esconde realmente esta medida? ¿Les interesa realmente a los supermercados el cambio climático? ¿La contaminación? 

En mi opinión: ¡EN ABSOLUTO!

Ya hace mucho tiempo que los del Carrefour, Eroski, Mercadona y un largo etc.. conocen que sus bolsas son terriblemente malvadas y que tardan 400 años en degradarse…Entonces ¿por qué ahora y no antes?

Muy fácil, en los últimos meses, incluso años se ha bombardeado con información acerca del cambio climático, el libro del ex presidente Al Gore…todo ello ha creado un fenómeno que ha llegado a la gente de a pié y que es más consciente del fenómeno del cambio climático, del incremento de emisión de gases de efecto invernadero, del calentamiento global…

Esta situación es la que ha sido aprovechada ahora por estos supermercados, que realmente les importa un pimiento y quieren hacernos creer cosas que no son. Las bolsas de plástico se están cobrando en cada producto que se compra, en cada producto se paga un pequeño porcentaje de todas esas bolsas que se consumen. Pues bien, ahora además de quitarlas (y seguir pagando por ellas) vamos a tener que comprar bolsas “ecológicas”. En efecto, pagaremos por las bolsas que no tenemos y además por las ecológicas a no ser que quieras llevarte la compra en brazos.

Pero desde aquí os digo que no os dejéis engañar. Lo justo sería que se descontase el precio de esas bolsas que van a dejarse de repartir, pero de momento no se va a hacer, por eso os pido que os replanteéis si vale la pena comprarles esas bolsas ecológicas que ellos dicen o buscar otras alternativas para evitar que siempre sigan ganando los mismos.