Bioparc: NATURALEZA en abierto

 

Bueno antes de que sigáis la leyendo  esta entrada quiero que sepáis que no me pagan por lo que voy a contar…

Ayer tuve la oportunidad de ir al Bioparc de la ciudad de Valencia. ¿Que decir acerca de este parque? Primero que nada que no se trata, en absoluto, de un zoo. Cuando la gente oye la palabra zoo la imagen que le viene a la cabeza es el de un recinto cerrado, con pequeñas estancias enjauladas en donde se exhiben los animales, casi sin poder moverse del sitio.

El Bioparc es totalmente distinto. El entorno en donde se sitúa el parque está a las afueras de la ciudad, aunque totalmente urbanizado, en la zona que se conoce como Parque de Cabecera, el lugar en donde el Turia es desviado a su nuevo cauce dejando a su izquierda el viejo cauce que ha sido convertido con el transcurso de los años en más de 9 km de pulmón verde y que traviesa la ciudad de oeste a este.

Una vez entras en el recinto lo primero que más atrae al visitante es el hecho de no ver espacios claramente delimitados, como barreras ni nada por el estilo, todo está muy integrado y el paisaje, aunque artificial, está muy bien cuidado e intenta asemejarse a los sitios de donde son autóctonos los animales que allí  habitan.

El parque está dedicado de forma exclusiva a la fauna presente en el continente Africano y queda dividido en tres zonas: Madagascar, África ecuatorial y la Sabana. Cada una de ellas se podría decir que tienen sus animales estrella, por lo menos para mí. En el caso de Madagascar los lémures campan a sus anchas por el recinto e incluso se acercan al visitante de forma despreocupada, no es difícil sacarse una foto con ellos, incluso parece que posen en las fotos. En África ecuatorial destacaría sobre todo los elefantes y los gorilas, y finalmente en la sabana las jirafas y los leones.

Sinceramente creo que es un sitio que vale la pena visitar, muchos de los animales que ves allí sería imposible verlos en otro sitio que no fuese en un safari por África. Además el concepto del parque me parece realmente bueno ya que los animales disponen de espacio suficiente como para sentirse a gusto y casi en libertad, y lo han demostrado con los numerosos nacimientos de crías en el parque durante su primer año de apertura.

Vale la pena rascarse un poco el bolsillo para disfrutar de estas cosas…

No os cuento más y espero que os animéis a visitarlo…

Retirada de las bolsas de plástico de los supermercados

En fin, ya tenía ganas de sentarme un rato y escribir acerca de este tema. Soy consciente de que tiene poco que ver con los temas acerca de los cuales suelo escribir, pero no deja de estar relacionado con el medio ambiente y el desarrollo sostenible así que tampoco queda desubicado.

En los telediarios han estado bombardeando estos últimos días con noticias de la retirada de las bolsas de la compra en algunos supermercados, en unos de forma inmediata y en otros en un futuro muy próximo. ¿Pero que esconde realmente esta medida? ¿Les interesa realmente a los supermercados el cambio climático? ¿La contaminación? 

En mi opinión: ¡EN ABSOLUTO!

Ya hace mucho tiempo que los del Carrefour, Eroski, Mercadona y un largo etc.. conocen que sus bolsas son terriblemente malvadas y que tardan 400 años en degradarse…Entonces ¿por qué ahora y no antes?

Muy fácil, en los últimos meses, incluso años se ha bombardeado con información acerca del cambio climático, el libro del ex presidente Al Gore…todo ello ha creado un fenómeno que ha llegado a la gente de a pié y que es más consciente del fenómeno del cambio climático, del incremento de emisión de gases de efecto invernadero, del calentamiento global…

Esta situación es la que ha sido aprovechada ahora por estos supermercados, que realmente les importa un pimiento y quieren hacernos creer cosas que no son. Las bolsas de plástico se están cobrando en cada producto que se compra, en cada producto se paga un pequeño porcentaje de todas esas bolsas que se consumen. Pues bien, ahora además de quitarlas (y seguir pagando por ellas) vamos a tener que comprar bolsas “ecológicas”. En efecto, pagaremos por las bolsas que no tenemos y además por las ecológicas a no ser que quieras llevarte la compra en brazos.

Pero desde aquí os digo que no os dejéis engañar. Lo justo sería que se descontase el precio de esas bolsas que van a dejarse de repartir, pero de momento no se va a hacer, por eso os pido que os replanteéis si vale la pena comprarles esas bolsas ecológicas que ellos dicen o buscar otras alternativas para evitar que siempre sigan ganando los mismos.

Mutagénesis aleatoria

En la entrada anterior del blog estuve comentando una de las técnicas que estaba llevando a cabo en el laboratorio. Ahora voy a hablaros de otra, que si bien aun no he hecho, pronto estará dentro de los procedimientos aprendidos durante este periodo de beca.

Como ya expliqué en la entrada anterior es muy fácil hacer substituciones de unos aminoácidos por otros mediante la construcción de oligos que ya incluyen las mutaciones y por amplificación con PCR. Esto se puede realizar si se conocen muy bien los efectos que va a provocar la introducción de la mutación, aun así en muchas ocasiones el resultado que se obtiene no es el esperado porque se sustituye un aminoácido pensando en el efecto directo que va a causar esta sustitución pero se desconoce totalmente los posibles efectos que va a tener en el resto de la estructura de la proteína. Ya que la sustitución del residuo puede provocar un cambio de orientación en otro residuo situado a decenas de pares de bases y que incluso afecte a la actividad catalítica de forma negativa y produzca un efecto totalmente contrario al esperado.

Por eso en determinados casos la mutagénesis aleatoria puede ser muy útil para lo que se conoce como diseño racional. La mutagénesis aleatoria se puede conseguir de diferentes formas, mediante agentes químicos, como por ejemplo la hidroxilamina, el ácido nitroso, cambiando la concentración de Mg 2+ que actúa como cofactor en la DNA pol, mediante PCR y con diferentes oligos con mutaciones al azar, etc.. Pero estas técnicas quedan restringidas a regiones concretas del gen.

Uno de los métodos más interesantes (al menos desde mi punto de vista) y bastante utilizado para la obtención de proteínas modificadas es la evolución dirigida.

Este proceso intenta imitar el proceso de evolución darwiniana pero in vitro, combinando las mutaciones genéticas con la selección natural. La evolución dirigida consta de dos etapas diferenciadas, por un lado una etapa de mutagénesis aleatoria que se consigue mediante la técnica conocida como DNA-shuffilg que consiste en una primera etapa de PCR normal y posteriormente en una digestión con DNAsa. Del producto de la digestión se seleccionan los fragmentos de entre 50 y 150 pb y se usan como cebadores  para la siguiente PCR. Además se usa una polimerasa de baja eficiencia que introduce mutaciones con mayor frecuencia que las que se usan habitualmente en PCR.

El producto de todo este proceso es clonado en un vector para ser expresado en E.coli y posteriormente se chequean los mutantes y se seleccionan aquellos que tienen mayor interés.

Se obtendrá un mayor éxito cuanto mayor sea el número de variantes fenotípicas obtenidas puedan ser examinadas y en muchas ocasiones se llega a la conclusión de que las proteínas estudiadas son mucho más flexibles a la hora de incluir mutaciones de lo que se pensaba.

Mutagénesis dirigida

Pensé que con el verano tendría más tiempo para escribir en el blog y que tendría más cosas que contaros…pero la verdad es que me equivocaba. Tal vez sea el calor, o la pereza que da escribir algo después de estar todo el día trabajando, pero últimamente no estoy muy inspirado.

El trabajo de investigación es muy duro, y hay que dedicarle muchas horas, y es por eso que al estar tan inmerso en el tema no tengo mucho tiempo para dedicarle al blog.

Después de estar un mes trabajando junto con otra compañera ya tengo mi propio proyecto, que más bien es la segunda parte de otro proyecto que se llevó a acabo en el laboratorio por otro compañero y con el que se obtuvieron resultados bastante interesantes. Soy consciente que tengo poco tiempo para poder hacer muchas cosas…pero estoy contento de poder trabajar de forma autónoma y de poder decidir aspectos de los experimentos que estoy llevando acabo.

El proyecto consiste básicamente en modificar una beta glucosidasa (encargada de hidrolizar celobiosa) para que tenga actividad galactosidasa. Si se compara la estructura de la beta glucosidasa con la que estoy trabajando con la de una galactosidasa se puede ver como las estructuras son muy parecidas, y el objetivo es cambiar unos aminoácidos por otros para que la glucosidasa tenga una mayor actividad galactosidasa.

La verdad es que hay muchos más detalles que contar y muy interesantes pero no sé hasta que punto puedo contar las cosas que hago en el laboratorio por ahí…así que al menos con esto os hacéis una idea del porqué escribo tan poco por aquí…

Tinker Cell: Programa de modelización celular

He descubierto este programa hoy mismo, está en SOFTONIC y la descripción que aportan es esta:

Tinkercell es un editor de diagramas biológicos mediante el cual puedes describir procesos celulares complejos de forma visual.

Cada elemento disponible en Tinkercell, como moléculas, células o receptores, se insertan desde el árbol jerárquico de objetos. El tamaño, color y orientación de lo que hayas añadido puede modificarse desde el menú contextual.

Tinkercell no se limita al dibujo de diagramas, sino que también puede realizar simulaciones deterministas o estocásticas, aplicar funciones al modelo o ejecutar plug-ins programados en Python o lenguaje C.

Aún en desarrollo, Tinkercell aprovecha la naturaleza visual de los diagramas para facilitar la simulación de modelos biológicos complejos, algo similar a lo que ocurre con los programas de análisis estructural en estadística.

La verdad es que aún no he tenido la oportunidad de probarlo con detenimiento, pero parece interesante. Además pienso que puede ser bastante útil para hacer esquemas orientativos, no es preciso introducir fórmulas ni parámetros para tener un bonito esquema de un proceso celular. Si alguien encuentra más funciones o aprende a usarlo le agradecería que me enseñara, aunque sea un poco.

Aquí os dejo el link: http://tinkercell.softonic.com/