La trazabilidiad de los primeros infectados en Valencia

TEM del COVID19 (Adaptada de IVDC)

Las técnicas de análisis genético, entre ellas la secuenciación, están permitiendo trazar y averiguar el árbol genealógico del SARSCov19. La comunidad científica está secuenciando y analizando el ARN del virus para así determinar en qué posiciones de la secuencia se producen las mutaciones, si pueden o no influir en la virulencia, etc.

Si nos remontamos a los primeros infectados en la C. Valenciana podemos ver que el día 28 de febrero había ya 10 personas infectadas. Investigadores del FISABIO en de Valencia lograron secuencias el ARN del virus que infectaba a dos de estos pacientes. Estos genomas se han puesto junto con otros que forman una base de datos de 489 secuencias procedentes de distintos lugares en donde el virus ha hecho estragos, y la información que se obtiene sin duda es bastante curiosa ya que se pueden trazar los "orígenes" de los virus que han ido infectando a los pacientes.

El resultado ha sido un árbol filogenético interactivo del virus donde se pueden ver los cambios que han habido desde el origen hasta casi la actualidad. En esta página podéis ver los resultados: https://nextstrain.org/ncov. Esta página permite ver los resultados, destacar los países de dónde proceden las secuencias, etc. Me he permitido marcar con un asterisco las dos primeras secuencias reportadas de la Comunidad Valecniana, que además son las primeras secuencias reportadas en España.

En el árbol filogenético, cuanto más al centro más antiguos son los contagios, mientras que cuanto más a la periferia más actuales. De esta forma podemos trazar el árbol genealógico de los distintos infectados. 

Se puede ver cómo el centro lo ocupa principalmente el color morado, correspondiente a la región de Hubei, foco de la pandemia actual. Si nos fijamos, uno de los infectados en la Comunidad Valenciana tiene una secuencia más parecida a la que se dio en la región de Hubei (2*) y por otro lado  otro paciente en donde la secuencia del virus se parece más a la zona de Suiza, en este caso la secuencia más cercana del virus se corresponde con la de un paciente de Ginebra.

Sin embargo en el caso de la secuencia más parecida a la de Hubei no parece que venga directamente, hace escala en "Santiago de Chile", es decir que la secuencia 2* se parece más a una secuencia de un paciente de Santiago de Chile y que dio el salto a Valencia. A medida que se vayan publicando mas secuencias el puzzle se irá completando. Fijaos en esta animación:

Faltan multitud de secuencias todavía que se irán incorporando. He hablado con miembros que están participando en la investigación y me han comentado que están haciendo un esfuerzo sobrehumano para poder dar y compartir resultados cuanto antes.

Los autores del trabajo, realizado por el Servicio de Secuenciación y Bioinformática y el grupo de Epidemiología Molecular del FISABIO, coordinados por Fernando González Candelas, de la Universidad de Valencia han podido comprobar que el virus tiene una tasa de mutación menor que la del virus de la gripe. Han identificado mutaciones, pero no se puede saber nada sobre cambios en la transmisión ni la agresividad del virus.

Desde el blog seguiremos muy atentos a la evolución de estos datos que se irán completando de forma progresiva con el paso de los días. Lo que sí que podemos concluir, es que la globalización ha sido el gran aliado de este virus y eso ha facilitado su expansión.

Sería interesante pensar qué hubiese pasado siglos atrás, o simplemente cuando nuestros abuelos eran pequeños...Rara vez se viajaba en avión y posiblemente el virus no hubiese salido más allá de Hubei.

Mucha gente me dice: "tú que sabes de estas cosas... ¿qué tenemos que hacer?" Yo les contesto que ni la epidemiología ni la virología son mi especialidad, pero que como casi todos los científicos que nos dedicamos a la biotecnología, ciencias de la salud, etc. tenemos una base. Yo mismo tuve durante la licenciatura al profesor Fernando González Candelas, en la asignatura de Introducción a la Teoría de la Evolución y muchos de mis compañeros en Genética de Poblaciones. Mi respuesta siempre es la misma: "Por tu seguridad y la del resto ahora mismo lo más sensato es no salir de casa". 

Es probable que a lo largo de la temporada muchos sucumbamos al virus, pero subestimar la gravedad es lo último que hay que hacer. El virus no es grave en sí en muchos casos, aunque ya ha demostrado una mortalidad 10 veces más alta que la de la gripe, pero la crisis sanitaria sí lo es. Por ello hay que respetar la cuarentena en la medida de lo posible apelando a la responsabilidad individual y colectiva. Y esto se debe hacer sin ningún tipo de excepción, ni si quiera pasear al perro. Una cosa es bajar al perro a la calle 5 minutos para que haga "sus cosas" y la otra es pasearse por media Valencia.